例えば、こういうのはどうでしょう?
csjsでのpromptで設定した値は「編集ボックスコントロール」のvalueに格納します。
var tmp = prompt('何か入力してくれよ', 'デフォルト値');
document.getElementById( "#{id:tmpVar}" ).value = tmp;
ssjsでは、getComponent( "編集ボックスコントロール名" ).getValue()で取得します。
var getVar = getComponent( "tmpVar" ).getValue();
この時、編集ボックスコントロールのスタイルに「display:none」を設定しておけば、画面上では非表示になります。(可視のチェックボックスを外してはダメです)。